绝大多数的自然灾害中，都可能造成饮用水供应系统的破坏，这将是灾害发生后首当其冲的问题，常在灾害后早期引起大规模的肠道传染病爆发流行。
在水灾发生时，原来安全的饮用水源被淹没，被破坏，或被淤塞，人们被迫利用地表水做为饮用水源。这些水往往被上游的人畜排泄物，人畜尸体，以及被破坏的建筑中的污物所污染。特别是在低洼内涝地区，灾民被洪水较长时间围困，更易引起水源性的爆发流行。
在地震时，建筑物的破坏也会累及供水系统，使居民的正常供水中断。这对于城市居民的影响较为严重。而且由于管道的破坏，残存的`水源极易遭到污染。海啸与风灾时也可能发生这种情况。
旱灾时，由于许多饮用水源枯竭，造成饮用水源集中。在一些易于受灾的缺水地区，居民往往需要从很远的地方取得饮用水。一旦这些水源受到污染，将会造成严重的爆发流行。
在一些低洼盐碱地区，水旱灾害还会造成地下水位的改变，从而影响饮用水中的含盐量和pH值。当水中的pH值与含盐量升高时，利于霍乱弧茵的增殖。因而在一些传统霍乱老疫区，常会因水旱灾害而造成霍乱的再发，并且有时延续较长时间。
